Prof. Dr. Bekir Çakır’ın uluslararası ve ulusal bilimsel dergilerde yayımlanmış çok sayıda çalışması mevcuttur. Diyabet (şeker hastalığı), obezite ve tiroid hastalıkları tanı ve tedavisi özellikli ilgi alanlarıdır. Tiroid nodüllerinin mekanizması, tanısı ve tedavisi konusunda ülkemizde ve dünyada yenilikçi yaklaşımları mevcuttur. Tiroid nodülüne ve paratiroid lezyonlarına elastosonografi uygulaması ve tiroid nodülüne laser tedavisi konusundaki çalışmaları bu yaklaşımlara örnektir.

Prof. Dr. Bekir Çakır’ın bir çok uluslararası ve ulusal dernek üyeliği mevcuttur. Türkiye Endokrinoloji ve Metabolizma Derneği Yönetim Kurulu üyeliği yapmıştır.

Tıpta Uzmanlık Kurulu Asil üyeliği, Eğitim Planlama Koordinasyon Kurulu Asil Üyeliği, SGK Kronik Hastalıklar Koordinatörlüğü ve T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye Diyabet Programı Koordinatörlüğü gibi birçok önemli kurul ve komisyon üyeliği ve koordinatörlük yapmıştır. Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi Dahili Tıp Bilimleri Bölüm Başkanlığı görevini yapmıştır, halen Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları Bilim Dalı Başkanlığı yapmaktadır.